990FXA-GD80のメモリスロットは4基、拡張スロットは、PCI Express x16対応が4基、PCI Express x1対応が1基、そして、PCIが1基という構成だ。AMD 900シリーズでは、マルチGPU技術として、従来のAMDによるCrossFireXに加えてNVIDIAのSLIも正式にサポートすることになった。撮影した990FXA-GD80には、そのことを訴求するロゴやシルク印刷は記されていないが、パッケージには、CrossFireXに対応するグラフィックスカード接続ケーブルとともに、SLIに対応するケーブルも標準で用意する。
990FXA-GD80のバックパネルには、ギガビット対応有線LANとIEEE1396(6ピン)、USB 2.0が6基(うち2基はeSATA兼用)のほか、2基のUSB 3.0も搭載する。また、リセットボタンも備えている。
オンボードでは、電源ボタンとリセットボタン、そして、OC Genie IIボタンを実装する。この組み合わせをMSIでは「Easy Button 3」と呼んでいる。また、990FXA-GD80は、バックパネルで2基のUSB 3.0を搭載するほか、基板にもUSB 3.0対応のヘッダピンを設けて、そこから2基のUSB 3.0を利用できる。そのため、USB 3.0コントローラとして、ルネサスのμPD720200を2基、オンボードに実装している。なお、1基はサウスブリッジのSB950用ヒートシンクの影になっているため、通常の状態では見ることができない。
ギガビットに対応する有線LANのコントローラには、RealtekのRTL8111Eを実装する。同様に、IEEE1394コントローラではVIAのVT6315Nを用意、サウンドコントローラには「THX TruStudio PRO」と記されたヒートシンクを貼ったRealtekの「ALC892」を載せる。
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